该研究以绵羊作为动物模型进行“低海拔-高海拔”转移试验,利用高通量测序技术构建了高原转移前和转移后适应过程中的4个时间点(7天、14天、21天和8个月)的19种组织的转录组(RNA-Seq, scRNA-Seq)和表观组学(ATAC-Seq)图谱;同时顺利获得整合全基因组重测序(WGS)、染色质构象捕获(Hi-C)和20种测量表型数据揭示了母代和子代短期高原适应的动态转录调控机制。
2024年05月11日
研究团队利用阿尔茨海默病测序计划(ADSP)的WGS数据,顺利获得GWAS定位到5个基因组区域中与AD显著相关的17个变异。研究结果将有助于更好地理解AD的发病机制,并确定AD药物治疗的潜在新靶点。
2024年04月28日
本研究系统分析了FLS早期蛋鸡肝脏3D基因组构象和H3K27ac图谱的变化,揭示了其影响转录重编程的潜在机制。这些发现拓宽了对早期FLS发病机制的认识,并表明叶酸可顺利获得营养预防途径缓解蛋鸡FLS。
该研究不仅系统的解析了猪骨骼肌和脂肪组织eRNA对产肉相关性状的重要调控功能,顺利获得eRNA介导的基因调控网络构建为猪产肉相关性状的遗传改良给予了理论基础和分子靶点,更是给予了一种结合高通量增强子功能变异检测和多组学数据构建调控网络的方法。结合现在大量存在的RNA-Seq,eQTL和GWAS公共数据,该方法为畜牧动物和人类复杂性状的遗传机制解析给予了一套新的解决方法。
2024年04月10日
该研究给予了一个系统表观基因组进化图谱,并为理解影响牛、绵羊和山羊复杂性状的进化机制奠定了基础。
2024年04月09日
随着长读长测序技术及相关计算方法的进步,SV已成为当前研究物种适应性演化重点关注的遗传变异类型,特别是在图结构泛基因组的框架下。SV根据变异的类型和剂量变化可被归为包括缺失,插入,重复在内的拷贝数变异、倒位、移位、及一些嵌套的复杂结构变化。
2024年03月23日
该数据库包含来自猪、牛、羊和鸡基因组的19个组织和12个细胞系的538个表观基因组数据集,共计有65124531个潜在功能突变位点。IFmut数据库有一个用户友好的web界面,允许用户查询感兴趣的突变位点或不同的基因组区域,以及可视化表观基因组信号分布情况。
2024年03月21日
过去20年,随着技术的进步,国内外研究人员对表观遗传调控分子机制的解析取得了显著进展,这对更好地理解组织器官发育以及生物表型形成的分子细胞基础产生了深远影响。本文重点介绍了表观多组学的研究技术在猪功能基因组研究中取得的成果案例。
2024年02月23日
该团队研发的具有自主知识产权的基因组选择信号检测和分类新工具DASDC,为动物群体遗传解析及经济性状改良研究给予了新的方法和工具,也为我国生物多样性研究给予了重要的技术支撑。
2024年02月09日
AGIDB整合了89个物种共17,360个样本全基因组测序数据和11个物种的SNP芯片数据,数据量累计达688.57 TB。
2023年11月01日