圣淘沙名胜世界

动植物遗传变异检测高通量技术主要包括：全基因组重测序、简化基因组测序、液相捕获测序、固相芯片等。综合考虑分型效率和成本因素，低深度重测序技术（low-coverage whole-genome sequencing, LcWGS）越来越多的应用到动植物遗传育种中。LcWGS指的是利用~1×左右的重测序数据进行遗传变异分型。利用高深度重测序（>20x）构建的参考群基因组信息进行基因型填充，LcWGS能够以较低成本准确获取全基因组遗传变异，更有利于动植物遗传育种研究与应用。

圣淘沙名胜世界基因搭建了有参和无参高效基因型填充流程，可准确获取全基因组遗传变异分型结果。针对基因组研究和基因组育种，提供两种服务。

1.基因组研究

推出“全基因组位点-LcWGS”服务，该服务对全基因组遗传变异进行填充，获取全基因组变异位点分型结果。

2.基因组育种

推出“功能位点-LcWGS”服务，该服务针对全基因组功能位点进行填充，获取全基因组功能突变位点分型结果，该服务能够很好地兼顾填充时间和育种效率。

技术优势：

信息丰富 可提供全基因组范围遗传变异，信息更丰富

分型准确 采用自主填充算法，基因分型准确率可达98%

性价比高 同等成本情况下，可获得更多遗传变异信息

技术路线;

基因型填充原理：

有参考基因组-填充原理

无参考基因组-填充原理

假设待填充个体来自许多个祖先，使用待填充个体序列构建其祖先单倍型，计算待填充个体生成不同祖先单倍型的概率并对构建的祖先单倍型进行优化，在计算完成后，使用样本单倍型来更新其对应的祖先单倍型，最后使用计算出的样本单倍型概率和更新完成的祖先单倍型完成基因型填充。

案例：

圣淘沙名胜世界基因对1992头大白猪进行了低深度重测序分型（平均测序深度0.77x），对随机抽取20的头进行高深度测序分型（平均测序深度21.28x），对比低深度与高深度基因分型结果，二者分型一致性达98%以上。

应用场景：

基因组研究

基因组育种